股份合作制的核心在于合作，而对于这里“合作”两字的理解，在理论和实践中却存在一定的分歧：
一种意见认为，根据《关于发展城市股份合作制企业的指导意见》表述的“在股份合作制企业中，劳动合作和资本合作有机结合”的提法，股份合作制中的“合作”应理解为劳动与资本的合作。因为股份合作制企业中的大部分股东既是投资者，又是劳动者，他们既以其劳动参与企业生产和收入分配，又以所持股份参与企业的经营与收入分配，将合作理解为劳动与资本的合作比较确切。
另一种意见认为，虽然《关于发展城市股份合作制企业的指导意见》提出股份合作制企业是劳动合作和资本合作有机结合，但这仅是对此类企业一个特点的概括，它并不表明股份合作制企业仅是劳动与资本的合作，除此以外，这里的合作还有合作普通股份与企业内部职工持股合作的含义。由于股份合作制企业既有一般意义上的股份，也有企业内部的职工持股，两种股份虽然在收益分配上是同股同利，但在参与管理权上却有所区别，一般而言，在股东大会上，普通股东是依股份的比例享有权利，而职工内部股东则是按人头享有权利，两者具有一定的质的区别，因而这里的合作应包括普通股和内部职工股的合作的含义；
除上述两种意见外，还有意见认为，股份合作制企业的收入分配方式既有按劳分配，也有按资分配，职工以自己的劳动领取工资属于按劳分配，以其股份获得收益属于按资分配的范畴，因而合作应是按劳与按资两种分配方式的合作。另有意见认为，股份合作制是由过去农业合作社的名称演变而来的，合作社由社员分别入股，以其合作性的经营活动为社员提供生产和其他方面的服务，故为“合作社”。股份合作制企业使用合作一词不过是对合作社的一个借用语，并不具有实际的内涵。
对于这个问题，因不同观点持有者所站角度的不同，理解也有差异。我们认为，股份合作中的合作是一个复合性概念，它具有多方面的含义，上述几方面的内容都可以包含其中。由于这个问题不影响实际操作，故可在实践中作进一步的总结和研究。
